預算

2000年，原子能機構通過了成果制計劃制訂方案。成果制計劃和預算編制，是根據在這個過程一開始就明確表達的若干期望成果制訂的一項計劃和預算，在該計劃和預算周期結束時對照這些期望成果對實際績效進行評估。在成果制方案中，計劃制定遵循一系列步驟，旨在確保計劃的制訂符合成員國的需要，并充分利用原子能機構的潛力。

原子能機構資金的主要來源是經常預算資金、技術合作資金和預算外計劃資金。這些資金主要由成員國提供，有些由其他捐助者提供。對預算外資金和技術合作資金的捐款是自愿的。

經常預算

經常預算由業務部分和資本部分組成。業務部分用于支付持續的業務成本，而資本部分用于根據原子能機構大型資本投資計劃為大型基礎設施投資提供資金。經常預算根據原子能機構工作計劃的結構分為六個主計劃。

見當年“經常預算撥款”

技術合作資金

原子能機構的技術合作活動由技術合作資金和預算外捐款提供資金。技術合作資金包括自愿捐款，原子能機構理事會每年為技術合作資金建議一個指標。

見當年“技術合作資金的分配”

其他自愿捐款

原子能機構還依靠自愿捐款在其所有六個工作計劃中開展一些活動。這些預算外資金的概算是根據原子能機構執行有關活動的能力和可能收到的資金來計劃的。

其中一些活動屬于原子能機構2010年發起的“和平利用倡議”（PUI）范疇。該倡議自2010年以來已成為為原子能機構和平利用核技術活動籌集預算外捐款的重要手段。“和平利用倡議”使得原子能機構能夠為其成員國的利益執行和平應用核技術的其他項目，這些項目有許多本來是沒有資金的。

財務報告

原子能機構按照“國際公共部門會計準則”編制年度財務報告。這些報告由原子能機構的外聘審計員，即一個成員國的最高審計機構進行審計。年度財務報告連同外聘審計員的報告，然后由大會核準。