В случае тандемных электростатических ускорителей (см. рисунок) пучки ионов бомбардируют образец материала или исследуемый объект. В результате взаимодействия с материалом ионы в пучке могут менять свою траекторию, либо их столкновение может приводить к выбросу частиц или излучения, в основном в виде рентгеновского или гамма-излучения. Затем это излучение можно зафиксировать и проанализировать.
Свойства энергии и испускаемого излучения позволяют получить подробную информацию о составе образца, подвергшегося бомбардировке, например, имеет ли он кристаллическую структуру, какова его твердость и физические свойства, представляющие интерес с точки зрения новых технологий. Образцы материалов или объектов, которые подвергаются бомбардировке, также могут различаться по форме и фазам составляющего их вещества, и могут представлять собой тонкую фольгу, небольшие кусочки почвы, клетки человека, животных или растений, семена, камни, жидкости или даже исторические объекты или статуи. В зависимости от формы и состава материала бомбардировка его ионами может происходить в вакууме или в воздушной среде.
Благодаря своим уникальным возможностям для анализа и модификации материала ускоренные ионные пучки используют в самых разных целях. В мутационной селекции растений ионные пучки используются для облучения растительного материала или саженцев, что позволяет ускорить процесс их естественной эволюции путем индуцирования мутаций, чтобы получить более урожайные или устойчивые к болезням и засухе сорта.
Протоны и другие ионы широко используются для производства радиоизотопов, необходимых для создания радиофармацевтических препаратов для диагностики и лечения рака. В терапии рака пучки протонов и ионов углерода используются для бомбардировки раковых опухолевых клеток, особенно когда альтернативная терапия невозможна. Эти пучки доставляют энергию к опухоли, чтобы нагреть ее и разрушить.
В связи с растущим спросом на более прочные и качественные материалы широкий спектр ионных пучков также применяется для модификации свойств материалов и повышения их прочности. В качестве примера можно привести космические корабли и термоядерные реакторы, где требуются материалы, способные выдерживать высокий уровень радиации.